たとえば、http://www.example.com/ と http://www.example.com/index.html は同じページだけども、検索エンジンやプログラムでは別のページだと認識されてしまうことがあるので、これは統一させたほうが絶対に良い。
URLは長いより短い方が見た目的にもいいので、index.htmlは外すことを基本とする。
やり方は簡単。.htaccessに以下を記述するだけ。
Options +FollowSymLinks RewriteEngine on RewriteCond %{THE_REQUEST} ^.*/index.html RewriteRule ^(.*)index.html$ http://www.example.com/$1 [R=301,L]
Options +FollowSymLinks は、さくらサーバー等のレンタルサーバーではエラーする場合があるので、エラーして表示されなかったら外してください。特に問題ありません。
http://www.example.comはもちろん、.htaccessをアップロードするドメインに変更してください。